В России есть две основные базы данных по штрафам: база ГИБДД и ГИС ГМП.
ГИС ГМП — это база Федерального казначейства, ей пользуются судебные приставы, таможенники и другие чиновники. Сотрудники ГИБДД предпочитают пользоваться данными из своей системы.

Обычно штраф погашается в обеих базах в течение 14 дней с момента оплаты.1. Если не прошло 14 дней с момента оплаты — ждите.
2. Если вы оплатили штраф со скидкой, он может погашаться месяц и более. Задержка связана с тем, что у Федерального казначейства более сложная процедура обработки платежей со скидкой, чем для обычных платежей. К сожалению, вы не сможете ускорить эту процедуру.
3. Если вы оплатили штраф без скидки и уже прошло 14 дней, пишите заявление в ГИБДД с просьбой разобраться, почему штраф не погашен в ГИС ГМП (или в базе ГИБДД или в обеих сразу). К заявлению приложите копию квитанции. Обязательно укажите адрес для ответа.
Если вы повторно оплатили штраф и у вас сохранились обе квитанции, пишите заявление в ГИБДД и приложите копии обеих квитанций. Так вы сможете вернуть один из платежей.